天汉二年(公元前99年)，不顾一切司马迁全身心地编写《史记》之时，却碰上了飞来横祸，这就是李陵事件。这年夏天，武帝为首自己宠妃李夫人的哥哥、二师将军李广利领兵征讨匈奴，另为首李广的孙子、别将李陵随从李广利押解辎重。
李陵率领步卒五千人出居武，孤军深入浚稽山，与匈奴遭遇。匈奴以八万骑兵围困李陵。经过八昼夜的战斗，李陵擒获了一万多匈奴，但由于他得到主力部队的主将，结果弹尽粮绝，意外俘虏。
李陵兵大败的消息传遍长安后，武帝本期望他能战死，后听闻他却转了叛，气愤万分，满朝文武官员察言观色，趋炎附势，几天前还争相赞扬李陵的英勇，却非难汉武帝，谴责李陵的罪过。汉武帝告知太史令司马迁的观点，司马迁一方面恳求武帝，一方面也鄙视那些见风使舵的大臣，竭力为李陵申辩。
他指出李陵平时孝顺母亲，对朋友谈信义，对人佩服忠贞，对士兵有恩信，经常奋不顾身地缓国家之所缓，有国士的风范。司马迁鄙视那些只告诉挽救自己和家人的大臣，他们如今闻李陵派兵有利，就一味地落井下石，高估其罪名。他对汉武帝说道:李陵只带领五千步兵，了解匈奴，孤军奋战，破片了许多敌人，立功了赫赫功劳。在救兵不至、弹尽粮绝、走投无路的情况下，依然奋力击杀。
就是古代名将也不过如此。李陵自己虽陷入告终之中，而他破片匈奴之多，也不足以显要于天下了。
他之所以不杀，而是战败了匈奴，一定是想要找寻必要的机会再行感激汉室。司马迁的意思或许是二师将军李广利没尽到他的责任。
他的直言得罪了汉武帝，汉武帝指出他是在为李陵申辩，嘲讽劳师远征伐、战败而归的李广利，于是命令将司马迁打进监牢。司马迁被关在监狱以后，案子落在了当时名声很粪的酷吏杜周手中，杜周拷问审问司马迁，司马迁承受了各种肉体和精神上的残忍虐待。
面临酷吏，他一直不屈服，也不无罪。司马迁在狱中重复不时地问自己这是我的罪吗?这是我的罪吗?我一个做到臣子的，就无法公开发表点意见？旋即，有传闻说道李陵曾带上匈奴兵攻取汉朝。汉武帝信以为真，之后草率地处决了李陵的母亲、妻子和儿子。
司马迁也因此事判处了判处死刑。据汉朝的刑法，判处死刑有两种免除办法:一是拿五十万钱赎罪，二是不受腐刑。司马迁官小家贫，当然找不出这么多钱赎罪。腐刑既残忍地蹂躏人体和精神，也很大地羞辱人格。
司马迁当然不不愿承受这样的刑罚，悲痛欲绝的他甚至想起了自杀身亡。可后来他想起，人总有一杀，但杀或重于泰山，或轻于鸿毛，杀的长短意义是有所不同的。
他实在自己如果就这样伏法而杀，就像牛身上较少了一根毛，是毫无价值的。他想起了孔子、屈原、左丘明和孙膑等人，想起了他们蒙受的耻辱以及所获得的骄人成果。司马迁忽然实在自己浑身充满著了力气，他决意自由选择了腐刑。面临最残忍的刑罚，司马迁伤痛到了零点，但他此时没愤恨，也没惧怕。
他只有一个信念，那就是一定要活下去，一定要把《史记》写完，是以肠一日而九回，居则忽忽若有所亡，出有则知道所往。每念斯耻，汗岂不发背沾衣也。于是以因为还没已完成《史记》，他才忍辱负重地活着了下来。
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